三菱FX5U-40MT/ES用PLSV指令做变频器频率输出，D10设800（80Hz）但Y0实测脉冲频率只有400Hz，哪里配置错了？

这个现象非常典型，是“脉冲输出模式”设置错了导致频率被分频。
你设的“CW/CCW”模式在FX5U中，Y0作为CW脉冲（正转脉冲），Y1作为CCW脉冲（反转脉冲），而PLSV指令默认输出脉冲+方向，如果你选了CW/CCW，PLC内部会按“方向信号+脉冲”的方式处理，但实际硬件只输出了脉冲，方向信号没接，且CW/CCW模式下脉冲频率会先经过一个2分频（因为需要两组脉冲）。
正确做法：在GX Works3的“模块参数-高速脉冲输出”中，将Y0的输出模式改为“Pulse+Direction”（脉冲+方向），这样Y0输出频率才等于D10的值。
另外，你提到频率实测400Hz而D10=800，正好差2倍，进一步验证了2分频。
改完后再把步进驱动器的“电子齿轮比”确认一下——细分2000，如果驱动器设的是“脉冲/圈=4000”（即2倍细分），则实际转速也会差一倍，和PLC无关。
建议用示波器看Y0波形，或先用GX Works3的“软元件测试”功能强制Y0输出指定频率（如D10设为1000），确认硬件频率准确后再接驱动器。